Der eingezogene Chor mit halbrundem Schluss weist ein Kreuzgratgewölbe auf. Zwischen Chor und Schiff ist ein großer Rundbogen eingezogen. Der frühere Hochaltar wurde durch das Sakramentshaus ersetzt. Vor der linken Stirnwand des Schiffes steht ein besonders schöner Taufstein mit einem von einem Löwen getragenen Kelch. Sein Wappenschild ist auf 1705 datiert.
Kunstmaler Karl Caspar schuf 1908 die Jugendstil-Fresken an den Wänden des Langhauses (Esther und Judith, Eva und Sulamith, Mariä Verkündigung, Grablegung Christi und Heimsuchung). Die Nordwand ziert außerdem die Holzplastik "Christus mit den Schächern". Zwei bunte Glasfenster wurden nach Entwürfen von Edzard Seeger im Jahre 1956 - 58 angefertigt.
m Sommer 2016 wurde der Kirchplatz vor der St. Markuskirche neu gestaltet. Handlungsbedarf entstand durch Wassereindringung ins Klostergebäude, sowie die desolate Dach- und Regenwasserentwässerung der Kirche.
Der Treppenaufgang von der Brandgasse wurde ebenfalls erneuert und erhielt eine Kinderwagenspur.
Barrierefrei ist jetzt auch der Eingang zur St. Markuskirche.
